Die fortschreitende Entwässerung und Austrocknung, die durch globale Klimaveränderungen weiter verstärkt wird, eine hohe Dichte an Beutegreifern, vor allem Füchse, die hohe Gelege- und Individuenverluste verursachen, zunehmende Brach-, Schilf- und Gehölzentwicklungen, die direkt und indirekt (Kulissenwirkung) zu einer Beeinträchtigung der Wiesenbrüterlebensräume führen, ein hoher Freizeitdruck mit entsprechenden Störungen in den Brutgebieten sind wesentliche Gefährdungsursachen.
Hinzu kommen die durch den landwirtschaftlichen Strukturwandel bedingte Veränderungen in der Flächenbewirtschaftung. Ehemals waren hunderte Landwirte im Altmühltal aktiv. Die Betriebe waren klein, ebenso die Schlaggrößen. Typisch waren die Grünfuttermahd und die Heumahd ab Juni. Der wirtschaftliche Druck lies die Zahl der Betriebe ab- und die Betriebsgröße zunehmen, wobei dieser Prozess weiter voranschreitet. Der wirtschaftliche Druck führte verstärkt zum Bau von Biogasanlagen. Rund 200 Anlagen sind alleine im Landkreis Ansbach in Betrieb, eine der höchsten Dichten in ganz Bayern. In der Folge nehmen einheitliche Grünlandnutzungen mit zeitlich und räumlich stark synchronisierter Mahd (auch im Rahmen des VNP), geringer Schnittvarianz, frühen Mahdterminen und Düngung zu und die Diversität und Qualität der notwendigen Teillebensräume ab. Extensive Nutzungen sind ohne Fördergelder wirtschaftlich nicht mehr tragfähig.
Ohne Einleitung ambitionierter Schutzmaßnahmen, wie Wasserrückhaltung, Aufbau eines Prädationsmanagements, Etablierung von Weidesystemen, Erhalt und Ausweitung einer naturverträglichen Nutzung, Gelegeschutzmaßnahmen und einer Besucherlenkung, die Störungen im Bereich der Brutplätze vermeidet und neue Anlaufpunkte in den Randbereichen ermöglicht, ist damit zu rechnen, dass innerhalb der kommenden 10-20 Jahre weitere Arten, und ganz besonders die markanten, charakteristischen und ehemals häufigen Wiesenbrüter, wie Brachvogel, Uferschnepfe und Kiebitz vollständig aus dem Altmühltal verschwinden.